基本的にはこの2つ！
Sky Scanner（スカイスキャナー）
KAYAK（かやっく）
私はフライトを探す際に、この2つのサイトを活用して、最安値のフライトを探しています。
航空会社からHISのような旅行代理店の商品まですべてを一括で検索することが出来るため、この2つですべてを網羅することが出来ます。
フライトを総合検索できるサイトは他にもたくさんありますが（SkyTicketなど）、4年間限られたアルバイト代をやりくりしながら海外旅行をしてきた私は様々なサイトを使った結果、この2つのサイトを比較する、という方法に落ち着きつきました。